(二)依内容来分，《清实录》主要的史料来源可分为以下四类：
1.皇帝上谕和红本
有关皇帝的档案材料是纂修实录的最重要的史料。上谕档是首选材料。所谓上谕，是指皇帝处理日常政务时发布的指示和命令，以及在奏疏上的批示，也称“谕旨”和“圣旨”。上谕又分为“明发档”和“密寄档”。前者由军机处拟稿，经皇帝朱笔审定，再经内阁传抄，宣示中外，故称“明发上谕”或“内阁明发上谕”，简称“明发”；后者由军机处拟稿，经皇帝朱笔审定后，通过军机处直接寄发各有关官员，此称“寄信谕旨”，因其发自内廷，且秘而不宣，故又称“廷寄”或“密寄”。上述由军机处承旨代拟、皇帝朱笔修改的谕旨，也统称为“朱改谕旨”。此外，上谕中还有一种“朱谕”，是皇帝处理政务时用朱笔所作的批示。咸丰年间，纂修《清宣宗实录》将成之时，文宗要求将宣宗封皇六子奕訢为亲王的“朱谕”载入实录：“道光三十年正月十四日，皇考宣宗成皇帝升遐。朕与顾命大臣敬启密缄，钦奉朱谕：‘皇六子奕訢封为亲王。钦此！’”他要求“将此旨宣付史馆，于实录、本纪内，将皇考朱谕封奕訢为亲王，纂入道光三十年正月十四日遗命各条之次”(22)。雍正八年(1730)设军机处，军机处将发出的谕旨皆存档备查，由值日章京逐日逐条将谕旨誊录于特备簿册，每月一册，称为“现月档”。《清实录》中很多内容，便来源于各类上谕。在修《世宗实录》时，乾隆帝要求将皇考世宗宪皇帝“临御十三年所降谕旨”，在恭修《实录》时“敬谨叙入”。(23)《清德宗实录》在每条内容后都注明史料来源，其中便有“明发”、“现月”和“电寄”等档案。部分上谕在载入实录时，曾作过不同程度的删削。[10]
朱笔红本是实录修纂中经常使用的材料。朱笔是指皇帝朱批的奏疏，因称红本，收藏在红本库中。据载，内阁大库的满本堂“之东为红本库，又东为尊藏实录库”，朱笔都在红本处存贮，修实录时取出，修完后仍归原处。[11]147－148姚元之曾说：“臣工奏折，凡经有朱笔，虽一圈点俱呈缴，不独有朱批而后缴也”，“遇纂修《实录》时，奏明请出”。[12]17嘉庆间修《高宗实录》时，实录馆从红本库调用的高宗朱笔便达184箱之多，“几成充栋”。嘉庆二十五年(1820)，实录馆修《仁宗实录》时，曾从景运门档房调取朱批奏摺。洪亮吉“恭修实录，见一日中朱笔细书，折成方寸，或询张、鄂，或询孙、朱，曰某人贤否，某事当否。日或十余次。诸臣亦皆随时随事奏片，质语直陈，是上下无隐情”[13]3162。他见到的这些档案，就是朱笔御批。
2.臣工题本与奏摺
《清实录》的史料来源，大部分来源于大臣的奏书。清朝曾一度模仿明朝万历以后修纂六曹章奏的方法，编纂六部章奏，以备实录纂修之用。顺治十二年(1655)，詹事府詹事梁清宽奏言：“前代设起居注，专记人主嘉言善行，垂法后世；又设六曹馆，删润六部本章，备修《实录》。”(24)根据这封奏书，得知清曾于顺治六年纂修过《六曹章奏》，但未设专官，因兼职史官出差而停止。尽管六曹章奏没有继续编纂成册，但大臣们的奏章还是不断累积。
清代大臣所上奏书，早期沿袭明制，公事称为“题本”，私事称为“奏本”，但二者难以截然分开，故常常相混。康熙以后，特别是雍正帝继位后，让心腹大臣通过上密摺的方式反映政情和人心，但行文格式与奏本相似，故称奏摺。乾隆十三年(1748)废除奏本形式，剩下题本与奏摺相辅而行。题本虽然属于正式的文书，奏摺属于权宜性的文书，前者要经过通政司上达内阁，再经内阁票拟后才转到皇帝手中，非壅塞则泄密，后者则直达帝廷，速度快，效率高，逐渐成为大臣奏书的最重要的形式。光绪二十八年(1902)，正式下令废除题本，改用奏摺。奏摺成为晚清唯一的一种奏书。奏摺直达御前，由皇帝亲自拆阅后，用朱笔将意见批于奏摺上面，称为“朱批奏摺”，简称“朱批”。朱批奏摺在康熙时发还原奏人遵行。雍正时规定原奏者须将朱批奏摺定期缴还宫中。凡御批过的奏摺，均由军机处另录一份备查，称为“录副”。军机处每日将录副和未经朱批的奏摺箍作一捆，每半月合为一包，即“月摺包”，亦称“摺包”或“月摺”。有时，军机处也按专题，将处理同一问题的奏摺及上谕装订一起，成为“议覆档”、“早事档”和“剿捕档”等档册。[14]9－38大臣们的奏摺不少都成为清修实录的史料来源。如嘉庆二十五年，实录馆修《仁宗实录》时，行文军机处调取清汉文日摺，又致文国史院调取嘉庆元年至五年之译汉档，行书方略馆调取文武缙绅档。这些大都是大臣奏摺和满蒙文奏摺的汉译本。修《清德宗实录》时，史料多取自“月摺”、“议覆”、“剿捕”、“早事”等档。
